L'église de Sant Serni de Canillo date de l'époque baroque (XVIIe-XVIIIe siècle) et conserve des vestiges d'une construction romane antérieure (XIIe siècle), comme les murs et le baptistère. La nef centrale et le clocher, qui est le plus haut d'Andorre, ont du être reconstruits au début du XVIIe siècle.
En 2009, au cours de travaux d'amélioration, des vertiges archéologiques ont été découverts sous le sous-sol de la nef qui sont censés être antérieurs même au XIIe siècle. Une série de tombes allant du VIIe siècle au XVIIIe siècle ont également été découvertes. On estime que la construction a été rénovée à différentes époques.
L'intérieur de l'église abrite également une sculpture polychrome d'un crucifix du XVIe siècle et un retable baroque dédié à Sant Serni, évêque de Toulouse.
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